Untuk mencapai visi dan misinya, SMP-SMA Pesantren Daarul Uluum Kampus 2 Nagrak menyelenggarakan kegiatan pokok belajar mengajar formal di kelas setiap hari, kecuali Minggu, mulai pukul 07.00 WIB sampai dengan pukul 13.10 WIB. Komposisi materi pelajaran yang diberikan adalah sebagai berikut:
- Bidang Keilmuan Islam (Dirasah Islamiyyah)
- At-Tafsīr
- Ulūmt Tafsīr
- At-Tajwīd
- Al-Hadīts
- Ulūmul Hadīst
- At-Tauhīd
- Al-Fiqh
- Al-Farāidh
- Ushūlul Fiqh
- As-Sirah An-Nabawiyyah
- Nushūshu Hikam
- Kependidikan Islam (Tarbiyyah Islamiyyah)
- At-Tarbiyyah Wat Ta’līm
- Ilmun Nafs At-Tarbawī
- Al-Akhlāqu Lil Banīn/Banāt
- Bahasa Arab
- Al-Lughatul ‘Arabiyyah
- Al-Muthāla’ah
- Al-Insyā’
- At-Tarjamah
- An-Nahw
- As-Sharf
- Al-Balāghah
- Bahasa Inggris
- English Lesson
- Grammar
- Bahasa Indonesia
- Bahasa dan Sastra Indonesia
- Seni Islam
- Kaligrafi (Al-Khath Al-‘Arabī)
- Eksakta, Sains, dan Teknologi Informasi
- Matematika
- IPA-Fisika
- IPA-Biologi
- Kimia
- Teknologi Komputer dan Informasi
- Ilmu-ilmu Sosial
- IPS-Ekonomi
- IPS-Sejarah
- Geografi
- Sosiologi
- Kewarganegaraan
- Kewirausahaan